Por regla general se suelen usar herramientas tipo TomcatManager para este tipo de operaciones, pero si por algún casual os fallara la herramienta o os gustara más hacer el deploy mediante consola. El proceso sería el siguiente:

1. Paramos Tomcat.

service tomcat5 stop

2. Eliminamos el proyecto en caso de que ya exista: Si se da el caso de que el proyecto ya estuviera deployado deberemos eliminarlo para poder hacer un nuevo deploy. Por ejemplo si tenemos nuestro proyecto, que llamaremos proyect.war deployado, estará en TOMCAT_HOME/webapps/proyect, así que lo eliminaremos:

rm -r $TOMCAT_HOME/webapps/proyect

3. Acto seguido copiaremos el war que queremos deployar en la carpeta TOMCAT_HOME/webapps/ , ni que decir tiene que si ya existe deberemos eliminar dicho war.

cp proyect.war $TOMCAT_HOME/webapps

4. Y ya por último rearrancaremos el tomcat:

service tomcat5 stop

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