Formatear un disco en el formato de archivos NTFS desde linux es tan facil como instalar la siguiente aplicación de los repositorios:

sudo apt-get install ntfsprogs

Y una vez instalada vemos el nombre del disco que queremos formatear.

sudo fdisk -l

(Cuidado de no equivocarse al elegir la partición)

Y ya por último lanzar desde consola:

mkfs.ntfs /dev/tu_unidad  => Por Ejemplo => mkfs.ntfs /dev/sda1

Y listo!

P.D: mkfs soporta multitud de formatos: mkfs.ext2 , mkfs.ext3 , mkfs.ext4, mkfs.vfat… por nombrar alguno.

Fuente: Desarrollo Linux y Software Libre