He leido por la red un interesante artículo que al parece proviene de ElRinconDeTux, aunque no lo sé porque parece que está caida, en el que habla de como eliminar virus de Windows desdse nuestra instalación de linux. Para ello necesitamos la aplicación Clamscan. Que podemos instalar desde los repositorios:

sudo apt-get install clamscan

Ahora para hacerlo facil podemos abrir nuestro navegador de archivos y montar manualmente la partición de windows, abriendola sin más. En mi caso se monta en /media/disk, así que para pasar el antivirus haría:

sudo clamsan /media/disk

Lo cual nos devolverá algo así:

Algo bastante util